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Concittadino ed amico di lunga data di Redi, appare nella corripondenza e soprattutto nel Libro di Ricordi  dello scienziato aretino in molti ruoli: collaboratore medico, confidente e curatore degli interessi di famiglia, intermediario presso gli amici aretini, incaricato di riscuotere emolumenti e di effettuare pagamenti, infine copista di numerosi manoscritti. Svolse anche un'attività personale di medico ed anatomico. In questa veste, insieme a Bernardino Ciarpaglini di Pratovecchio e Ippolito Neri di Empoli, venne ricordato nelle Esperienze intorno alle viscere tagliate a diversi animali viventi di Giuseppe Zambeccari, un altro allievo e collaboratore di Redi.
Redi aveva fatto venire Bonucci a Firenze, forse dopo la partenza del padre Gregorio nel 1672, per farsi aiutare nella cura della clientela privata, soprattutto nei periodi in cui lui si assentava con la Corte dalla capitale. In tutti questi casi l'Archiatra granducale faceva capo all'amico anche per mantenere i legami con Arezzo. In una lettera del 5 gennaio 1680, ad esempio, Redi mandava a dire da Pisa che avrebbe spedito "alla dispensa del Granduca una scatola di cantucci", affinché fosse consegnata a Bonucci a Firenze, e questi poi la mandasse "a suo tempo in Arezzo".
Bonucci collaborò anche alla attività di ricerca del celebre concittadino, intervenendo forse nella stesura di alcuni protocolli. Il particolare emerge dal rinvenimento, nel Ms. Redi 31 della Biblioteca Marucelliana di Firenze - di seguito ad un protocollo datato 23 novembre 1683 e relativo all'anatomia di un cappone morto di fame dopo essere stato tenuto cinque giorni in gabbia senza mangiare -, di una lettera di Bonucci spedita da Firenze il 22 novembre. La lettera era indirizzata "Alla Corte", cioè alla villa dell'Ambrogiana dove in quel momento si trovava Redi, e parla proprio di un cappone morto dopo cinque giorni di inedia. Questo dimostra che Bonucci faceva esperimenti per Redi, gliene trasmetteva i risultati e lui li inseriva direttamente nei propri protocolli.
Ecco come Redi descriveva, in una lettera dell'8 febbraio 1688, una serata trascorsa al teatro della Pergola insieme all'amico, su invito del Principe ereditario Ferdinando, figlio del Granduca Cosimo III e di Margherita Luisa d'Orléans: "In questo così gran freddo, e nella età nella quale io sono, mi sarei senza dubbio esentato dall'andare a veder la commedia di Via della Pergola; ma il Sereniss. Gran Principe di Toscana mio Signore volle risolutamente che iersera io ci andassi; e con somma clemenza pensò egli stesso al riparo di tutti i miei acciacchi: imperocché mi fece preparare uno stanzino tutto per mio solo servizio, e per potervi condur meco tutti quegli amici che io avessi desiderato, dove mi portai chiuso nella solita mia carrozza di Corte, vicino al tempo dell'entrar della commedia, e vi trovai preparati d'ordine di S. A. Serenissima diversi rinfreschi di acque ghiacciate, ne' quali tutti coloro che avea condotti meco, ed il Sig. Dott. Bonucci in particolare, fecero un bello e solennissimo assalto,
ed io non mondai nespole".
Secondo la testimonianza di Salvino Salvini, Bonucci conservava molte "cose manoscritte" di Redi, che non facevano parte del "gran fascio" di annotazioni che lo scienziato aveva dato "alle fiamme" negli "ultimi anni di sua vita". Documenti che, con ogni probabilità, sono andati perduti.
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