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Nel manoscritto del Libro di Ricordi  di Redi uno degli ultimi appunti vergati prima della morte riporta, in data 21 gennaio 1697, questa notizia: "Oggi lunedì è uscito l'ordine che venerdì prossimo 25 gennaio la Corte deve partire di Firenze, per essere venerdì sera all'Ambrogiana e sabato sera 26 gennaio a Pisa a far le cacce. Io oggi lunedì sono stato ad inchinarmi al Serenissimo Principe Gio. Gastone ed a prendere i suoi comandi per Pisa etc., dove ancora io andrò al solito a servire il Serenissimo Gran Duca Cosimo Terzo, mio Signore".
Due giorni dopo, il 23, lo scrupoloso scienziato annotava di aver messo "in uno scatolino d'argento due anelli", tutti e due tempestati di "sette diamanti", che aveva consegnato al proprio factotum Stefano Bonucci. Erano il suo personale regalo di nozze per il nipote Gregorio, figlio del fratello Giambattista e di Anna Nardi. Redi pensava di non essere più a Firenze, quando il nipote sarebbe venuto "a provvedersi di gioie", dovendo partire di lì a poco per la rituale trasferta a Pisa, che dava inizio alla stagione delle cacce granducali.
La previsione non sarebbe risultata esatta, perché il giorno successivo, 24 gennaio, l'ultimo appunto in ordine cronologico del Libro di ricordi riferiva: "Oggi giovedì 24 gennaio 1696 arrivarono a Firenze il Balì Gio. Batta Redi, mio fratello, ed il Balì Gregorio Redi, mio nipote, ed io consegnai in propria mano del Balì Gregorio suddetto il suddetto scatolino, nel quale io aveva messi i due anelli mentovati sotto il dì 23 di gennaio 1696 ab Incarnationem acciocché gli portasse seco in Arezzo per servizio del suo sposalizio".
Nei 35 giorni che gli sarebbero rimasti da vivere non sappiamo cosa Redi fece di preciso a Pisa. Non sono infatti rimasti documenti o lettere di data posteriore al gennaio 1697. La morte colse il grande scienziato aretino la notte del 1° marzo 1697, in seguito ad un attacco apoplettico. Morì solo, come era sempre vissuto, e la mattina successiva il corpo fu trovato senza vita nel letto dal suo cameriere Giuseppe.
Dopo l'autopsia, ordinata dallo stesso Granduca Cosimo III, il cadavere di Redi venne imbalsamato a Pisa e, passando per Firenze, fu trasportato ad Arezzo. Venne poi tumulato con grande solennità in un ricco mausoleo nella Chiesa di S. Francesco, secondo quanto egli aveva chiesto nel testamento del 1687. Stando ad una lettera inviata da Arezzo a Giuseppe Lanzoni in data 13 marzo 1697, che Antonio Vallisneri pubblicò in un articolo della "Galleria di Minerva" del 1708, ecco come si svolse la cerimonia: "Passò a miglior vita alcuni giorni sono il Signor Dot. Francesco Redi nella città di Pisa per una forte apoplessia sopraggiuntagli, come appunto s'era espresso più volte che desiderava per ischiffare [sic] tutte quelle noiosissime turbulenze che portano seco i mali lunghi. Era medico attuale del Sereniss.mo Gran Duca, che pure si trovava in quella città. Fu esposto nella Chiesa del Duomo con un bellissimo catafalco e con numero di 100 torcie con più cartelli e sonetti in lode delle di lui qualità, essendo stato
condotto il di lui cadavere li 9 del corrente in questa città. La mattina delli 10 gli fu cantata la Messa di Requie in musica, con l'assistenza de' Signori canonici e clero di detta chiesa, con trombe e tamburi scordati. Il giorno dopo vespro fu fatta l'orazione funebre dal Signor Canonico Gio. Dario Cipoleschi, e dopo fu portato detto cadavere processionalmente a seppelirsi nella chiesa de R. R. P. P. di San Francesco di questa città, accompagnato da tutte le fraterie, dalla compagnia della Santissima Annunciata, da tutti li curati e capitolo della cattedrale, con trombe e tamburi, come sopra, e con grande concorso di popolo".
Nel 1812, all'epoca della municipalità napoleonica, venne ventilata l'ipotesi di trasformare la chiesa di S. Francesco in un teatro. Temendo qualche brutta sorpresa, il pronipote di Redi, Francesco Saverio, fece trasferire il monumento sepolcrale e la salma in Duomo. Il monumento è ancora visibile nella parete di destra della navata, vicino alla Cappella del Conforto, in una posizione alquanto infelice. Sopra una cassa di marmo si erge il busto dello scienziato, e sotto l'epigrafe fattavi apporre nel 1697 dal nipote Gregorio: "Francisco Redi Gregorius fratris filius". Sotto la cassa è scolpito lo stemma di famiglia e la lapide porta questa semplice scritta: "Obiit Pisis kalendas mart. MDIIIC aetatis LXXI diebus X hic sepu. eiusd. et anno".
Dopo la sua traslazione in Duomo, della salma di Redi si perse ogni traccia e, a dispetto delle accurate ricerche fatte da molti studiosi di storia locale, risulta oggi impossibile sapere dove riposano i resti mortali del medico aretino. Fino a tempi recentissimi, molti biografi e storici hanno continuato a sostenere che Redi sarebbe morto nel 1698. Ma questa datazione appare, in base agli studi più recenti, destituita di ogni fondamento.
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