Anche i medici soffrono di malattie croniche e ricorrenti. Archiatra granducale e medico sollecito di nobili, dame e parenti, nella corrispondenza anche Redi si lamentava spesso dei propri acciacchi. Erano soprattutto le coliche renali che lo facevano soffrire, a tal punto da ricorrere sistematicamente all'uso dell'oppio, che spesso si faceva mandare in polvere, chiuso dentro una lettera, dall'amico speziale Cestoni. Della sua vera malattia, l'epilessia, egli non fece invece mai parola, nemmeno nelle lettere più intime ai parenti. Stando alla testimonianza di Salvino Salvini, che ne scrisse la prima biografia, lo scienziato avrebbe sopportato "pazientemente" la sua grave infermità, soprattutto "negli ultimi anni di sua vita".
Redi stesso riconosceva di essere affetto da una notevole dose di ipocondria, e in un certo senso se ne compiaceva. In uno dei suoi consulti più noti, quello per Domenico David del 12 giugno 1688, scriveva: "Un medico ipocondriaco sa vivere in una continuata e buona regola, e sa astenersi da tutti quanti quei guazzabugli di medicamenti che i medici sogliono per vera ciurmeria ordinare agli altri, ma per se medesimi non gl'ingozzano mai".
L'ipocondria era per Redi una malattia quasi naturale dell'uomo, che nel suo caso gli impediva di cadere vittima delle deformazioni della professione medica. In una lettera ad un altro amico ipocondriaco che aveva richiesto i suoi servigi, Carlo Dottori, consigliava con molta condiscendenza: "Non si sgomenti V. Sig. Illustrissima della sua ipocondria. Ella è una galantissima dama, che con le paure, nelle quali tien ristretti i suoi cavalieri, è cagione che essi non facciano disordini e peccati, e per conseguenza ella è cagione di una lunghezza di vivere indicibile. Sarei morto mille volte, se ancor io non avessi una gran servitù con l'ipocondria, e si assicuri, che nell'essere servitore a questa dama, io son tanto avanti, che non cedo a V. Sig. Illustrissima di un jota. Guai a me, se io non fossi stato pratico delle cose della medicina, e non mi fossero note tutte le ciurmerie di noi altri medici, guai a me, guai a me".
Tra i vari malanni fisici di cui soffriva l'Archiatra granducale c'erano anche i frequenti mal di testa. Nel saggio del 1671 indirizzato a Kircher (testo) parlava infatti della sua "solita emicrania", che normalmente faceva "il suo corso delle ventiquattr'ore". Per curarla aveva invano sperimentato il rimedio delle 'pietre' del ventriglio di certi corvi indiani che gli aveva consigliato un amico. Altre volte si era trattato di indisposizioni più banali, come quella che ci viene ricordata in una curiosa lettera dell'8 marzo 1664 del padre Gregorio all'altro figlio Giambattista: "Direte al Sig. Giannerini che Francesco ha riceuta la sua lettera, e che come potrà li risponderà. Questa sera non si sente così bene, havendoli fatto una gran mossa di corpo certe uova di pesce di mare, delle quali tutti hiermattina ne mangiammo; ma non han fatto male se non a lui".
Nel corso degli anni Redi era stato molte volte malato. In un caso, verso la fine del 1675, era stato quasi in pericolo di vita, e per rimettersi aveva trascorso una lunga convalescenza di tre mesi ad Arezzo. Anche il 1690 fu un anno particolarmente travagliato per la cagionevole salute dello scienziato. Il 28 gennaio scriveva al Marchese Casimiro degli Albizi: "Son già otto giorni, che mi trovo rinchiuso nel quartiere, ed anco nel letto, dalla crudeltà di certi dolori nefritici, che giorno e notte mi hanno fatto, e mi fanno tribolare con certe orine così nere, e così torbide, che paiono inchiostro effettivo, e mi è convenuto ingollare, contro il mio solito, delle medicine e di altri pazzi beveroni". Qualche giorno dopo sembrava stare meglio, ma non troppo. Scriveva infatti il 7 febbraio a Giuseppe Del Papa. "Io son guarito con una quantità di calculi minutissimi, che ho fatti, che veramente sono stati molti, e molti, e che mi hanno fatto tribolare: Sit nomen Domini benedictum. Or sto bene, ma frollo".
Da una lettera del 23 febbraio a Giuseppe Lanzoni veniamo a sapere che "per la seconda volta" Redi si trovava "fermato in casa da certi dolori nefritici" che lo facevano "fieramente tribolare". Il 13 marzo si lamentava ancora con Del Papa: "Io ho addosso più malori che non sono in S. Maria Nuova, ed in S. Spirito ancora. Non son diventato ipocondriaco, no! Son mali daddovero, e tutti fastidiosi, ma fastidiosi bene, e accompagnati dalla vecchiaia. Tiro innanzi per lo stralcio, e mi vado consumando, e tutti i sensi appoco appoco mi abbandonano". E ancora: "Sto male daddovero, e nel teatro di questo mondo fo' più scene assai, che non dovrei e non posso fare. Non mi son gettato in braccio all'accidia, no, no al certo. Ma il punto si è che son frollo".
In giugno la salute dello scienziato sembrava essere migliorata. Il 30 scriveva a Cestoni di star "meglio", ma diceva di avere "altre mascalcie" che minacciavano di volerlo "seppellir presto". Ma non disperava, se aggiungeva: "io però me la rido, e me la rido di cuore". In agosto una improvvisa ricaduta lo aveva ripiombato nell'afflizione più profonda. Il 30 settembre confidava ancora a Cestoni: "M'incammino a gran passi alla sepoltura, ma per grazia di Dio con gran coraggio, e senza punto di paura".
Nel 1691 Redi era stato bene, ma nel 1692 si erano verificate nuove coliche di reni. Il 21 luglio diceva a Cestoni di soffrire di un calcolo "nel lato destro" che lo faceva "tribolare davvero", tanto da esclamare per lettera: "Oh Dio! Oh Dio! Il mio calculo sciagurato mi fa gridare". E ancora il 16 agosto con lo stesso Cestoni: "Son già sei giorni continui, e sei notti che ho tribolato, e tribolo ancora con dolori di calcoli delle reni che mi fanno star male".
Poco dopo però sembrava miracolosamente guarito. Il 6 settembre scriveva nuovamente all'amico Cestoni: "Buone nuove, buone nuove. Io son guarito totalmente, avendo orinato un monte di calculetti; e ora per grazia di Dio non ho più stimoli involontari di orina, e non ho più dolori ne' fianchi". E il 27 settembre a Giuseppe Valletta: "Io ho tribolato con certi dolori di calculi; ora per grazia di Dio sto benissimo, e lavoro intorno a certe mie esperienze per quanto mi permette la traditora mia vecchiaia. Ah, ah, questa vecchiaia è una insolente creatura; ma con tutto ciò è peggior cosa per coloro, i quali non vi arrivano".
Il benessere era durato poco. Il 29 novembre 1692 Redi mandava a dire al fratello Giambattista. "Io son vicino alla morte, e son finito. Credetemi certo che son vicino vicino vicino alla fine". Per allora non era però successo niente di irreparabile. All'inizio del nuovo anno l'Archiatra granducale era andato, come al solito, con la Corte a Pisa, e qui si era ammalato sul serio per un'infiammazione ad un braccio con febbre altissima, tanto che il fratello Giambattista decideva di andarlo a trovare di persona. Ecco quello che scriveva alla moglie Anna Nardi appena arrivato: "Arrivai sabato sera su le 4 ore di notte felicissimamente con l'aiuto di Dio in Pisa, e trovai il S.r Francesco in cattivissimo stato, ma la notte medesima egli cominciò qualche poco a migliorare. E così è andato seguitando sino a questa sera lunedì, in modo che questi Signori medici e cerusici danno speranza grande che egli sia per guarire. L'infiammazione al braccio dritto è scemata grandemente; la piaga però è profonda e grande; la febb
re anche essa è scemata un poco, onde da tutti questi antecedenti non si può cavare conseguenza se non buona. Di tutto sia ringraziato il Signore Iddio".
Nei giorni successivi il decorso della malattia era stato benigno. Il 25 febbraio Giambattista rassicurava: "Per grazia di Dio noi habbiamo in sicuro della vita il S. Francesco". Tutto si era alla fine risolto per il meglio, tanto che il 5 marzo i due fratelli potevano partire con la Corte per Livorno: "Domattina giovedì partiamo per Livorno col Ser.mo G. Duca, e andiamo in navicello con molti commodi, e con noi viene il cerusico del medesimo G. Duca, quale si è contentato che il S. Francesco vada, giacché S. A. ha caro di haverlo appo di sé, ed in vero non sono immaginabili mai i tratti di amorevolezza e clemenza che S. A. usa col S. Francesco".
Nel frattempo però, la notizia della grave malattia di Francesco aveva fatto il giro dei familiari, suscitando scalpore perfino tra i maggiorenti della città di Arezzo. Il 26 febbraio 1693 la cognata Anna scriveva al marito Giambattista: "Monsig.re Vescovo martedì, con istanza grande, mi dimandò del Sig.e Francesco, e m'impose che riverisca lor Signori, sì come fanno tutte queste dame, che ogni giorno mandano a veder se c'è nove del Sig.e Francesco".
Anche a Siena si era diffusa la voce che l'illustre scienziato era in fin di vita. Ecco quello che il 23 febbraio scriveva a Giambattista il nipote Gregorio, figlio del defunto Diego, che in famiglia veniva affettuosamente chiamato Gregorino: "Non posso esprimere a V. S. il grande dolore ch'io ho sentito della disgratia del Sig.re zio Francesco avvisatami dall'Ill.mo Sig.r Pietro Biringucci per mezzo del padre Rettore; onde io la supplico con tutto il cuore a volermi mandare a pigliare per due o 3 giorni, acciò se il Signore disponesse di lui potessi almeno ricevere la sua ultima benedizione; se poi il Signore Iddio vuole per sua bontà restituirli la salute possa visitarlo. Io non mi allungo perché la posta parte, ed io non posso più, e s'assicuri che per me è stato un colpo inaspettato, e mi ha apportato grandissimo dolore. Non mi neghi questo contento".
La guarigione era stata salutata da tutti i parenti ed amici con grande sollievo. Ma anche con la compiacenza di aver visto, per fortuna, esaudite le accorate preghiere elevate al Signore per la salvezza di Francesco. Fin dal 23 febbraio 1693 Anna assicurava il marito che si era fatto "di molta orazione e detto di molte messe", e che si sarebbe continuato "infin che non si sente nova sicura della sua ricuperata salute". E anche sua figlia Maria Cecilia, scrivendo al padre il 2 marzo dello stesso anno, diceva che non c'erano "restati Santi in Paradiso" di cui non fosse stata chiesta "l'intercessione" con "preghiere, limosine e messe". Non da meno erano state, ovviamente, le sorelle monache ad Arezzo. Ecco quello che Eudora Osmida scriveva a Giambattista: "Con mia gran consolatione ò sentito sia migliorato il Sig. Francesco. Mi creda si è fatto orationi giorno e notte, e si fa senza intermissioni; si è patito tal dolori che con parole non si può li esprimere".
Il pensiero della morte aveva occupato spesso la mente di Redi negli ultimi anni della sua vita. Già nel 1689, in una lettera a Cestoni del 18 giugno, egli aveva sentenziato: "Quando la morte verrà, avrò una santa pazienza, perché son certo, più che certo che lo aver paura non è cagione che la morte si ritiri". Anche l'anno dopo, sempre con Cestoni, si confidava dicendo che si stava incamminando "a gran passi alla sepoltura, ma per grazia di Dio con gran coraggio, e senza punto di paura". Sarebbe vissuto altri sette anni, fino al marzo 1697.