Figlio di un consigliere del Re, nacque a Parigi il 5 agosto 1638 e morì nel 1715. Conclusi gli studi filosofici presso il Collège de la Marche e quelli teologici alla Sorbonne entrò, nel 1660, nella Congregazione dell'Oratorio dove, quattro anni più tardi, ricevette gli ordini religiosi. La profondissima impressione esercitata dalla lettura del Traité de l'Homme di Descartes lo indusse ad abbracciare la filosofia meccanicista. Un'adesione tutt'altro che incondizionata, tant'è vero che la continua riflessione e rielaborazione dell'insegnamento di Cartesio si tradusse in nette prese di distanza, particolarmente evidenti negli Éclaircissements aggiunti, nel 1678, alla sua opera maggiore, la Recherche de la vérité, pubblicata tra il 1674 e il 1675.
Le difficoltà inerenti il problema della comunicazione delle due sostanze cartesiane, la res cogitans e la res extensa, all'interno della particolare realtà costituita dalla natura umana era stato ripetutamente sollevato nella filosofia seicentesca, in particolare da Spinoza e da Leibniz. Come potevano due sostanze concepite come radicalmente eterogenee, quali l'anima e il corpo, agire l'una sull'altra? La riflessione malebranchiana approdò ad una risposta rigidamente occasionalistica che, escludendo qualunque comunicazione tra le due nature e negando la possibilità stessa di un'azione reale tra le creature, finiva con l'attribuire al solo autore dell'universo, a Dio, l'origine di qualunque efficacia causale in natura.
La filosofia "cristiana" elaborata da Malebranche, tramite l'innesto di una lettura accentuatamente spiritualistica della lezione di Cartesio sulla base della forte tradizione agostiniana dell'Oratorio, era sfociata in un rigido teocentrismo, parallelo ad una complessiva perdita di autonomia da parte delle creature naturali. Il facile accostamento tra il Dio tratteggiato da Malebranche e la Sostanza unica dipinta da Spinoza, renderà sospetta a molti l'ortodossia del filosofo francese, più volte costretto a produrre pubbliche o anonime giustificazioni, e coinvolto in lunghe polemiche: esemplare quella con Antoine Arnauld a proposito della concezione della grazia espressa nel malebranchiano Traité de la nature et de la Grace del 1680.
Accanto alla ricca riflessione filosofica, esposta nella forma più organicamente compiuta negli Entrétiens sur la métaphysique et sur la religion (1688), non va dimenticato l'altrettanto fervido impegno di Malebranche nel settore scientifico. In fisica aveva compiuto importanti studi di ottica e sottoposto a correzione le leggi cartesiane del moto; in matematica si era dedicato a lavori sul calcolo infinitesimale; in biologia aveva riflettuto con grande attenzione sul significato delle indagini anatomiche e microscopiche dei vari Leeuwenhoek, Malpighi, Stenone e Swammerdam.
Malebranche si era schierato, come quasi tutti i moderni, contro "l'idea bizzarra" della generazione spontanea degli insetti, riprendendo i classici esperimenti rediani dei vasi sigillati. Si era anche cimentato, al pari di Huygens, con la questione della natura e dell'origine dei microrganismi invisibili ad occhio nudo scoperti da Leeuwenhoek. Anche in questo caso, che aveva creato qualche imbarazzo allo stesso Redi, aveva rivendicato l'universalità della legge della generazione parentale. Il padre oratoriano francese aveva infine dato un contributo determinante alla formulazione del sistema della creazione divina e della preesistenza dei germi, di fronte al quale Redi mantenne sempre, come Malpighi, un atteggiamento di sostanziale diffidenza.