Nato a Bologna nel 1560, insieme ai fratelli Agostino e Ludovico fondò nel 1582 l'accademia degli Incamminati, che ebbe un'influenza significativa nella storia della pittura moderna. Anche se non era il più colto dei fratelli, Annibale fu indubbiamente il più estroso, il più innovativo e il più dotato pittoricamente. Possedeva una vasta cultura artistica, anche se era insofferente delle teorie e convinto che l'espressione del pittore doveva avvenire esclusivamente attraverso la sua opera, senza alcuna mediazione filosofica e teologica. "Noi altri dipintori habbiamo da parlare con le mani" sembra che avesse affermato a Roma quando, annoiato, si era messo a dipingere su una parete durante una dissertazione.
Tra le numerose opere di Annibale una delle più innovative e moderne è "Il Mangiafagioli", una tela che ritrae un giovane contadino che mangia voracemente una scodella di fagioli. Si tratta di un'opera appartenente alle cosiddette "scene di genere", che ebbero un grandissimo sviluppo nelle Fiandre, ma che furono sempre considerate inferiori sulla scena artistica italiana, legata fortemente alle iconografie classiche e religiose. L'atto è rappresentato con evidenza e sintesi, l'ambientazione scenica è abolita cosi che l'attenzione è tutta incentrata sulle poche cose essenziali.
L'opera più grande di Annibale resta comunque il grande affresco della Galleria di Palazzo Farnese, compiuto a cavallo dell'anno 1600. La grande volta, affrescata con le scene mitologiche centrate sul "Trionfo di Bacco e Arianna", rappresenta sia la conferma definitiva del Rinascimento italiano che l'avvio di una delle principali correnti del Barocco europeo, il classicismo. Il lavoro, che si svolse contemporaneamente a quello di Caravaggio per la cappella di San Luigi dei Francesi, appare dunque come l'esatta antitesi del realismo chiaroscurale. Morì nel 1609, lo stesso anno di Giusto Utens ed un anno prima di Caravaggio.