Nel 1689, dal 22 novembre al 22 dicembre, il grande filosofo tedesco Gottfried Wilhelm Leibniz soggiornò a Firenze, proveniente da Roma e diretto a Bologna. Uno dei suoi punti di riferimento in Toscana era il bibliotecario granducale Antonio Magliabechi, con il quale intrattenne un carteggio di complessive 110 lettere.
A Firenze Leibniz incontrò naturalmente anche Redi. Leibniz conosceva già le opere del naturalista aretino, sette delle quali si trovano difatti nel Fondo Leibniz di Hannover. Leibniz era anche al corrente della polemica tra Redi e il gesuita Filippo Buonanni, e si era chiaramente schierato dalla parte del primo. A questo proposito aveva scritto in una lettera del 1692: "Il padre Bonanni, di cui avrete letto il libro de Testaceis provvisto di bellissime figure, ha appena pubblicato un'altra opera intitolata: Observationes circa viventia quae in rebus non viventibus reperiuntur […]. Pretende di dimostrare la generazione spontanea, come viene chiamata, contro i nostri moderni persuasi, come voi sapete, che ogni animale proviene naturalmente solo da un altro animale. Sembra dotto, ma farà fatica a riuscire nel suo intento. Tanto più che i semi, essendo spesso impercettibili, sarà difficile per questo autore dimostrare la sua negativa. Vedremo che cosa risponderanno i partigiani dei Signori Swammerdam e Redi".
Il soggiorno fiorentino di Leibniz fu caratterizzato, tra le altre cose, anche dall'inizio di una polemica con Vincenzo Viviani. Il conflitto esplose nel 1692, quando il matematico toscano aveva proposto, nascosto da uno pseudonimo, un Aenigma geometricum, intorno al quale si scontravano la concezione galileiana tradizionale e la nuova prospettiva analitica della geometria. Leibniz rispose subito con una Solutio, che dimostrava che il calcolo infinitesimale era la nuova prospettiva vincente della ricerca matematica di fine secolo. Viviani era invece rimasto legato alla tradizione euclidea che puntava ad una soluzione geometrica dei problemi matematici, e giudicava i metodi algebrici leibniziani niente di più che "divertimenti infantili".
Dalla parte di Leibniz si era subito schierato Magliabechi, il quale, dando fondo alla sua proverbiale maldicenza, scriveva al filosofo tedesco che a Firenze non c'era "uomo più maligno di quel geometra", cioè Viviani, che faceva "ogni cosa con cabala, e con volponeria". Pur non avendo nemmeno lui competenze in materia, Redi aveva invece dato chiare prove di parteggiare per Viviani, tant'è vero che Leibniz scrisse che esisteva in Toscana un "triumvirato", costituito oltre che dal naturalista aretino, dallo stesso Viviani e da Anton Maria Salvini, che controllava ogni aspetto della vita culturale ed accademica.