Nel corso del 1680, negli ambienti intellettuali e mondani della penisola si sparse improvvisamente una clamorosa notizia. Redi aveva ritrattato la confutazione della generazione spontanea contenuta nelle Esperienze intorno alla generazione degl'insetti (testo); era addirittura in procinto di pubblicare una nuova versione del proprio sistema che avrebbe visto l'abbandono del principio della generazione parentale, dimostrato nel caso degli insetti delle carni putrefatte. La notizia proveniva da Roma e raccoglieva informazioni destituite di ogni fondamento, con ogni probabilità diffuse ad arte dall'interno della Compagnia di Gesù. Era infatti ormai imminente l'offensiva contro i novatores di cui si sarebbe fatto interprete, di lì a poco, Filippo Buonanni, con la pubblicazione nel 1681 della Ricreatione dell'occhio e della mente nell'osservation delle Chiocciole: primo atto della nuova fase della secolare controversia sulla generazione spontanea, nella quale i gesuiti avrebbero nuovamente alzato le bandiere dell
a filosofia aristotelica.
La notizia era arrivata come un fulmine a ciel sereno anche nei salotti di Napoli, spingendo un sincero amico di Redi come Francesco D'Andrea a chiedere, allarmato, lumi direttamente all'interessato. Ecco infatti quello che gli scriveva, in data 17 settembre 1680: "Non so come uscitosi a parlar della sua persona, disse il Signor don Domenico che per esperienze fattesi in Roma nell'Accademia sperimentale, s'era ella ritrattata da quel che havea insegnato al mondo nel suo libro de gl'insetti; e che già lo stava riformando, e che la sua sentenza già s'era scoverta non essere vera. Domandai quali fussero queste esperienze. Mi si rispose esser quelle de' vermini nelle galle".
D'Andrea aveva partecipato personalmente, insieme ad Antonio Baldigiani, alla discussione sulla generazione degli insetti delle galle che si era svolta tra Redi e Marcello Malpighi durante il 1673. Quindi conosceva tutti i retroscena di quel difficile confronto tra galileiani che si era risolto con la sconfitta di Redi, ma che non aveva mai visto in pericolo il principio della generatio ex semine. Questo gli consentì di ribattere ai propri interlocutori che la notizia era infondata e che le esitazioni rediane di fronte al problema delle galle non rimettevano affatto in gioco il principio della generatio ex putri. La lettera continuava infatti così: "Risposi che quelle non contradicevano alla sua sentenza. Anzi che V. S. illustrissima nel suo libro espressamente ammetteva che quei vermi non fussero generati dalle mosche; ancorché il Malpighi in Bologna mi havesse detto ch'egli credea che anche quei fusser generati dalle mosche. […] M'impegnai che havrei scritto a V. S. illustrissima e ch'ella havrebbe havuta
la bontà di rispondermi; e quando veramente si fusse ritrattata di qualche cosa di quello che havea scritto, me l'havrebbe ingenuamente accettato. Ma che certamente altra cosa havrebbe havuta ad essere, che l'esperienza allegata. Perché quella era da lei apportata nel suo libro; né per quella si provava la generazione ex putri, poiché le galle non producean il verme quando eran putride, ma quando eran vegete e vive".
Le previsioni di d'Andrea erano esatte. Redi non aveva ritrattato nulla: o quantomeno, non aveva ritrattato nulla relativamente alla dimostrazione della falsità della generazione spontanea. Le sue idee erano cambiate a proposito della generazione degli insetti delle galle, ma, a quanto sembra, non fino al punto da indurlo ad ammettere il fatto con l'avvocato napoletano. Lo fece, ma qualche anno dopo e non senza ritrosie e resistenze accanite, con un intimo confidente ed amico fraterno come Diacinto Cestoni. Solo con lui Redi ebbe il coraggio di recitare la propria palinodia, riconoscendo l'errore che aveva commesso nel 1668.
Purtroppo la risposta di Redi non ci è pervenuta, ma la successiva lettera di d'Andrea, datata 1° ottobre 1680, illustrava a sufficienza l'atteggiamento del naturalista aretino: "Carissima, carissima e cento volte carissima mi è riuscita la lettera di V. S. illustrissima, non perché mi avesse apportato alcuna cosa di nuovo, anzi appunto perché in essa nulla ho riconosciuto di nuovo. [...] Ma men mi sarebbe venuto nuovo se havesse mutato alcuna cosa della verità dimostrataci circa la segnata generazione ex putri. Per la qual io sempre ho detto che la nostra età può vantarsi al pari di qualunque altra, havendoci scoverta una verità che continuamente la tenevam per le mani e non la vedevamo. E che V. S. illustrissima havesse da rispondermi nella forma che ha fatto, non ne stietti mai in dubbio".
Nonostante tutte le smentite di D'Andrea e di Redi, le voci di una ritrattazione rediana continuarono a diffondersi nella comunità scientifica italiana di fine Seicento. Anche se dimensioni e portata di questa presunta palinodia restavano incerte, dato che non era chiaro se riguardava le galle o l'intera questione della generazione spontanea. Lo dimostra anche il testo di una lettera di Giovanni Maria Lancisi a Cosimo Bonomo del 4 ottobre 1687 che poneva fine ad un'astiosa polemica, nel corso della quale lo stesso Redi era intervenuto direttamente per bocca del giovane allievo. Il potente Archiatra pontificio affermava, ben sapendo di essere ascoltato dal collega Archiatra granducale, che era stato lo stesso "famosissimo ed oculatissimo Sig. Redi" a mettere in discussione il principio dell'universalità della generazione parentale. Anche "questo grand'huomo acerrimo diffensore, anzi pubblicatore della generatione degl'insetti per via di semi, e d'uovi decidui" aveva infatti dovuto riconoscere che gli insetti dell
e galle potevano essere stati generati non dal seme ma "da quell'istessa anima, e da quella stessa natural virtude, che fa nascere i frutti delle piante". A meno che, chiosava sarcasticamente Lancisi, "questo gran letterato" non si fosse già, "conforme il suo solito", "candidamente" "ritrattato" "da questa opinione".