Nato a Digne nel 1592, morì a Parigi nel 1655. Divenuto canonico della città natale, insegnò dapprima filosofia a Aix, poi matematica e astronomia al Collège de France. In nome dello scetticismo condusse, nella sua prima opera filosofica, le Exercitationes paradoxicae adversus Aristoteleos (1624), un deciso attacco contro il dogmatismo della tradizione aristotelico-scolastica. Dopo aver condannato la pretesa di attingere direttamente all'essenza delle cose, il filosofo francese si faceva portavoce di una spiccata forma di empirismo gnoseologico che, sottolineando il carattere provvisorio e limitato della conoscenza, ne delimitava il campo applicativo all'osservazione, all'esperienza sensibile e all'ipotesi.
La profonda amicizia che lo legava al padre Mersenne costituì il tramite attraverso il quale Gassendi venne a contatto con la riflessione di Descartes. Le sottili obiezioni sollevate contro le sue celebri Meditationes - in particolare contro il cartesiano principio di evidenza di cui egli denunciò la soggettività, invalidandone l'affidabilità come discrimine di un sapere oggettivo - furono alla base di un'accesa polemica che coinvolse a lungo i due filosofi.
Un rapporto attento e continuo con il pensiero di Epicuro (al quale Gassendi dedicò nel 1647 il Commentarius de vita et moribus Epicuri e, nel 1649, le Animadvertiones in decimum librum Diogenis Laertii) stava alla base della prospettiva teorica generale del filosofo francese: la 'rilettura' dell'atomismo come ipotesi fisica e filosofica a sostegno della nuova scienza sperimentale, profondamente ammirata nella figura di Galileo. Non si trattava di un semplice recupero dell'atomismo antico, bensì di un'attenta rivisitazione volta a rendere compatibili gli atomi di Democrito e di Epicuro con la rivelazione cristiana. Operazione che Gassendi affiderà, nella sua formulazione più completa, alle pagine del postumo Syntagma philosophicum (1658). Concepiti come frutto di una libera creazione divina, e legittimati, sul piano dell'esperienza, dalle recenti ricerche microscopiche che venivano disvelando ovunque la presenza di "minimi sensibili", gli atomi tratteggiati da Gassendi, distinti per peso, forma e dimensioni,
solidi e impenetrabili, costituivano il fondamento fisico, indivisibile, di ogni aspetto del reale.
Gassendi costituì un referente filosofico fondamentale per Redi, come dimostra anche il fatto che, per la propria biblioteca personale, egli fece rilegare in pelle l'edizione in sei volumi delle opere del francese, apponendovi sopra lo stemma gentilizio della famiglia. Lo scienziato aretino nutriva infatti evidenti simpatie filosofiche verso l'atomismo. Per questo, pur criticando la difesa della generazione spontanea che aveva fatto Gassendi, lo aveva ugualmente elogiato, nelle Esperienze intorno alla generazione degl'insetti , come "quel sublime scrittore, quel fulgidissimo lume delle scuole moderne".