Dopo essersi trasferito da Arezzo a Prato, e poi a Firenze, Redi trascorse quasi tutta la vita alla Corte del Granduca di Toscana: in pratica da quando aveva circa venticinque anni, subito dopo la laurea, fino alla morte. E alla Corte medicea il naturalista aretino aveva una posizione molto delicata ed influente: fu infatti per oltre trent'anni il medico personale di due Granduchi successivi, Ferdinando II dal 1666 al 1670, e Cosimo III dal 1670 al 1697. Questo particolare ruolo di scienziato-cortigiano gli consentì di assolvere di fatto, dati i suoi rapporti di confidenza con il Principe, a delicate funzioni di consigliere politico, di referente culturale ed accademico, di mediatore delle frequenti frizioni tra i diversi esponenti della famiglia regnante.
La sua posizione di scienziato di Corte consentiva a Redi di godere di numerosi ed importanti vantaggi, di cui andava giustamente orgoglioso. Siccome il Granduca era prodigo nei suoi confronti di ogni genere di regali, egli poteva destinarne una parte ai parenti, a qualche monastero o a qualche personaggio autorevole, esibendo in questo modo sia la virtù della carità cristiana sia una compiaciuta ostentazione di prodigalità. Tra i molti e svariati privilegi materiali di cui il naturalista aretino godeva c'era, ad esempio, il fatto di avere sempre a propria disposizione una carrozza del Granduca, oppure di poter chiedere tutti i libri che voleva per la propria biblioteca. Ma il privilegio a cui forse Redi teneva di più era quello di potersi dedicare alla scienza per passatempo, senza nessun obbligo di insegnamento o costrizione che non fosse il proprio gusto personale.
I doveri della carica imponevano tuttavia all'Archiatra granducale una serie estenuanze di incombenze e di obblighi, che non si conciliavano facilmente con la sua passione per la scienza. In una lettera a Lorenzo Magalotti del 14 febbraio 1679 descriveva così, con tono davvero disperato, la propria esistenza a Corte: "Tornerò a Pisa con un barlume di speranza d'esser presto a Firenze, dove, oh Gesù buono, quanto ha ella a durare? ripiglierò quella vanga e quella zappa con la quale dall'alba sino alla mezza notte mi conviene e vangare e zappare senza saper lomperocché".
A Corte tutto era preordinato, il cerimoniale prescriveva precise regole di distinzione e di privilegio, che spesso costituivano la mortificazione di ogni intelligenza. Tanto a Palazzo Pitti quanto nelle ville sparse per la Toscana la vita di Corte scivolava lenta e noiosa, costellata da mille impegni per lo più inutili che distraevano Redi dalle sue occupazioni predilette. Con tono bonario ed ironico, spesso il naturalista riusciva a prendersi qualche rivincita, come quando, nel Bacco in Toscana , si era permesso di denunciare l'eccessiva avarizia del figlio del marchese Pierfrancesco Vitelli, capitano della Guardia del Granduca, che nei freddi inverni trascorsi alla villa dell'Ambrogiana faceva morire di freddo i poveri cortigiani. Scriveva Redi:
"A quel vostro figliuol, che tanto amate; /A quel vostro figliuol (Signor Marchese) / che la regia anticamera governa, / a quel vostro figiuol, che quando verna, / non vuol veder mai le fascine accese. / Grida, strida, schiamazza, e pare un diavolo / a cui l'Angel Michel tolt'abbia un'anima, / e contro me sì bestialmente e s'anima, / che vuol mandarmi ad ingrassare il cavolo. / Ma faccia lui: che poco ingrasserollo, / perché il freddo m'ha secco il cuoio addosso; / Voi, ch'avete paterna autorità sopra il vostro figliuol grasso e paffuto, / che dal Granduca è così ben veduto, / fateci a tutti un po' di carità; /fategli una solenne riprensione, / e nel farla fingetevi adirato; / ditegli che sarebbe un gran peccato / il far morir di freddo le persone".
Perfino nei protocolli di laboratorio, che erano documenti di uso strettamente privato, si incontrano frequenti rimostranze per le interruzioni che gli obblighi di Corte imponevano a Redi. Tipico un protocollo del 12 marzo 1683, relativo all'anatomia di un esemplare piuttosto eccezionale di pellicano, che Redi si vide costretto a chiudere con una sconsolata lamentazione sulle costrizioni della vita dello scienziato-cortigiano. Ancora più significativa appare la relazione di un esperimento chimico fatto nei giorni 30 e 31 maggio 1689 nella villa di Poggio Imperiale, che consente allo storico di tre secoli dopo di seguire, passo dopo passo, una giornata particolare del cortigiano Redi.
Nonostante queste ombre, la dimensione cortigiana della propria ricerca consentì a Redi di realizzare progetti e di soddisfare interessi che, come privato, non avrebbe forse nemmeno potuto immaginare. Il medico aretino aveva dunque tutti i motivi per rallegrarsi, finché visse il Granduca Ferdinando II, del fatto che il suo grande protettore e mecenate non lasciava mancar "nulla alle [sue] voglie, con una generosità indicibile", e di rimpiangere poi, quando morì, di aver perduto "molto più di quello che il mondo poteva immaginarsi".
E anche nei confronti del successore, Cosimo III, Redi manifestava pubblicamente i propri debiti di riconoscenza. Nelle Esperienze intorno a diverse cose naturali, e particolarmente a quelle che ci son portate dall'Indie riconosceva infatti di avere "l'onore di servire in una Corte" nella quale tutti i visitatori che arrivavano "nella città di Firenze", provenendo "da tutte le parti del mondo", confessavano di aver visto "rinati gli antichi deliziosissimi Orti de' Feaci" e di aver trovato incarnata "nel Serenissimo Granduca Cosimo Terzo, e negli altri Serenissimi Principi la reale cortesissima affabilità del Re Alcinoo".
Senza illusioni, quando con i pochissimi amici fidati si lasciava andare a qualche confidenza, Redi si descriveva nelle vesti di chi doveva servire tacendo e, senza chiederne ragioni, obbedire. E ciò, malgrado e nonostante l'affetto che i "Serenissimi Padroni" nutrivano nei suoi confronti. Cortigiano ed uomo di potere, certo, Redi lo fu in tanti modi, ma anche drammaticamente ed angosciosamente circondato dalla solitudine, dalla mancanza di affetti. In un Palazzo Pitti che, com'è facile pensare, era un ricettacolo di invidie e di rancori, di intrighi e di malevolenze, Redi era ammirato, forse adulato, ma certamente non amato, o solo da pochi. In questo modo, la figura del brioso autore del Bacco in Toscana, dello sperimentatore fecondo, del verseggiatore facile si stempera nella visione di un uomo con il volto segnato dal vuoto di un cuore e di un animo scarsamente allietato dalle gioie e dagli affetti della vita.