Voluto dal Granduca Cosimo I, da cui prese nome, il porto di Livorno fu realizzato durante gli anni del granducato di Cosimo II. Protetto da una catena di scogli, poi rimossa nel 1864, poteva contenere solo un centinaio di bastimenti, non possedendo grande profondità. Nel 1617 Galileo aveva compiuto nel porto livornese alcuni esperimenti con il cannocchiale, allo scopo di mettere a punto un sistema di calcolo della longitudine per la marina toscana.
All'interno del porto mediceo era localizzata la Fortezza vecchia, costruita su disegno di Antonio da San Gallo come ampliamento di un fortilizio quadrato conosciuto come "quadratura dei pisani" o "rocca nuova". Cosimo I fece costruire dentro la Fortezza una famosa cisterna. Redi alloggiava in un proprio "quartiere" situato proprio nella Fortezza vecchia. E nel corso del mese di aprile 1689 realizzò una serie di esperienze termometriche su campioni di "acqua della cisterna della fortezza vecchia di Livorno", che sono riportate nel Ms. 29 della Biblioteca Marucelliana di Firenze.
Redi si recava quasi tutti gli anni a Livorno, al seguito della Corte medicea. Secondo quanto ricordava nelle Esperienze intorno alla generazione degl'insetti , lo scienziato aretino si divertiva a cercare molluschi lungo la spiaggia e tra gli scogli, armato di un semplice "coltello", oppure faceva rapide battute di pesca in mare per raccogliere materiale per i propri studi naturalistici. Qualche volta si spinse in barca fino allo scoglio della Meloria. Una prima volta, il 5 marzo 1668, furono i pescatori livornesi a portarcelo. Una seconda volta non sembra che ci andasse molto volentieri. In una lettera a Magalotti del 22 febbraio 1679 scriveva infatti che era in procinto di imbarcarsi "in galera" per "servire questi Serenissimi" che volevano "oggi trasferirsi alla lontanissima isola della Meloria".
Quella che Redi fece l'11 aprile 1667, la sera del "Lunedì di Pasqua", era stata davvero una battuta di pesca singolare ed emblematica. Appena dopo l'imbrunire, il naturalista aretino era stato accompagnato per un'escursione dentro il porto di Livorno dal capitano delle fregate granducali "Peppo" e dal collega Niccolò Stenone. Ecco la registrazione degli eventi, così come ci viene restituita da un protocollo del Ms. Redi 32 della Biblioteca Marucelliana di Firenze: "Il Ser.mo Granduca mi fece grazia che sulla felluca delle galere andassi alla pesca del lanciare colla fiocina. Venne Padron Peppo con due altri marinai. Venne meco il Marchese Cav. Coppoli ed il S. Niccolò Stenone. Si accese il lume sulla poppa sovr'un torcere di ferro ed il lume era fatto da schegge di pino che continuamente si mettevano sopra. Ci partimmo dalla chiatta a mezz'ora di notte, e cominciammo ad attorniare la fortezza. Il tempo era sereno, il mare tranquillo e si vedeva benissimo ogni fondo. Cominciammo a trovare delle seppie".