Nato a Gesisa nel 1602 e morto a Roma nel 1680, l'eclettico gesuita tedesco venne spesso considerato, all'epoca, come la personificazione di tutto il sapere. Un sapere che compenetrava, in un singolare impasto di vecchio e nuovo, un atteggiamento di tipo empirico-sperimentalistico e propensioni di carattere magico-occultistico, indagini condotte con metodo scientifico e superstizioni accettate senza troppo senso critico.
Entrato a far parte dell'ordine nel 1616, nel 1628 Kircher venne ordinato prete. Professore di filosofia, matematica, ebraico e siriano al collegio di Würzburg, fuggì dalla Germania dilaniata dalla guerra dei Trenta Anni. Dopo aver insegnato matematica, filosofia naturale e lingue orientali presso il collegio di Avignone, fu chiamato a Roma da Urbano VIII subito dopo la condanna di Galileo. Accolto con la fama di possedere il segreto della decifrazione dei geroglifici, fu nominato professore di matematica, fisica e lingue orientali al Collegio Romano.
Kircher scrisse più di trenta libri che spaziavano dall'ottica alla musica, dall'egittologia al magnetismo, dalle lingue universali alla storia della Terra, dalla liturgia sacra alla geografia e civiltà cinese. Inventò uno schema linguistico universale, attaccò l'ipotesi delle trasmutazioni alchemiche e progettò una serie di notevoli macchine pneumatiche, idrauliche, catoptriche e magnetiche, che espose ai visitatori nel suo famoso museo, presso il Collegio Romano. I suoi volumi - come il De arte magnetica (1641), l'Ars magna lucis et umbrae (1645), la Musurgia universalis (1650), il Mundus subterraneus (1665), l'Organum mathematicum (1668) -, erano permeati da una forte componente di filosofia ermetica rivista alla luce dell'aristotelismo cristianizzato dell'Ordine gesuita.
Nonostante tutti i retaggi del passato, Kircher fu uno dei primi grandi microscopisti della storia e la microscopia sperimentale nacque proprio a Roma per merito suo. Nello Scrutinium physico-medicum contagiosae luis del 1658 riprese la teoria dell'origine microbica delle malattie contagiose, che attribuiva la causa delle epidemie alla diffusione di "seminaria", "animalcula" o "vermiculi" invisibili. Ma mentre Varrone e Fracastoro avevano ammesso solo in via teorica l'esistenza di agenti patogeni responsabili delle malattie contagiose, Kircher li osservò direttamente e li descrisse al microscopio. Su questa base formulò la teoria che il contagio della peste fosse veicolato da micorganismi invisibili ad occhio nudo, che si riproducevano per generazione spontanea e venivano trasmessi attraverso l'aria, le vesti e il contatto delle mani, come indicava il fatto che potevano essere rinvenuti nel sangue degli appestati.
Dopo averlo elogiato come "curiosissimo" nelle Osservazioni intorno alle vipere , Redi entrò ripetutamente e con notevole virulenza in polemica con Kircher. Nelle Esperienze intorno alla generazione degl'insetti ridicolizzò la correttezza degli esperimenti con i quali il gesuita tedesco aveva preteso di dimostrare la generazione spontanea di mosche, api, scorpioni e rane. Anche se si premurò di accompagnare la copia del libro con cui lo aveva subito omaggiato, scrivendogli che gli chiedeva "perdono" per aver osato "mettere in dubbio" qualche affermazione che si trovava nei suoi "stimatissimi libri". Poi, nel 1671, decise di attaccare, in modo diretto, le teorie farmacologiche di Kircher, pubblicando le Esperienze intorno a diverse cose naturali, e particolarmente a quelle che ci son portate dall'Indie .
Temendo l'influenza del potente Archiatra del Granduca di Toscana, Kircher non replicò in prima persona, anche se si lamentò del trattamento ricevuto con queste parole, arrivate agli orecchi di Redi e da questi riferite a Cestoni: "Ad un vecchio par mio trattar così?" La difesa delle idee biologiche di Kircher e dei Gesuiti venne assunta, da questo momento in poi, da Filippo Buonanni. Fu lui infatti ad iniziare contro Redi e tutto il fronte dei moderni una controversia intorno alla generazione spontanea che si protrasse, in pratica, fino alla fine del secolo.