Oltre che con i gesuiti Athanasius Kircher e Filippo Buonanni, Redi dovette sostenere una accanita polemica sulla generazione spontanea anche con alcuni importanti medici del mondo universitario del tempo. Tra questi c'era ad esempio Jacopo Sinibaldi, professore di medicina alla Sapienza. Ma un ruolo di ben altro rilievo e prestigio rivestiva all'epoca Giovanni Maria Lancisi, che ricoprì per molti anni l'incarico di Archiatra dei papi Innocenzo XI, Innocenzo XII e Clemente XI.
La discussione tra Redi e Lancisi non si svolse direttamente, ma per interposta persona, tramite Cosimo Bonomo, artefice insieme a Cestoni della scoperta dell'eziologia acarica della scabbia. A questo episodio aveva fatto riferimento diversi anni dopo i fatti, nel 1710, Cestoni quando, conversando con Vallisneri, aveva detto che Lancisi era "sempre stato putredinista". Lo speziale livornese ricordava la polemica con Bonomo scoppiata dopo la pubblicazione delle Osservazioni intorno a' pellicelli del corpo umano , e non si stupiva che anche allora, come vent'anni prima, l'Archiatra papale facesse ricorso, pur di sostenere la generazione spontanea, a "delli sciami invisibili" di microrganismi per spiegare la diffusione delle pestilenze.
Il riferimento diventava più chiaro nel seguito della corrispondenza. Il 16 maggio 1712, prendendo spunto da una lettera di Redi che trattava delle incomprensioni tra Bonomo e Lancisi, Cestoni raccontava a Vallisneri, e per fortuna anche allo storico, qual'era stata "la causa". "Il Buonomo mandò a Roma a Lancisi due esemplari della lettera del pellicello; il Lancisi lo ringraziò e disse, che era gran cosa il pellicello che già si sapeva; ma che anco nei tumori marciosi, e nei vaiuoli vi erano de' bachi. Et io gli feci rispondere dal Bonomo, (e non che il Bonomo avesse tanto spirito) e gli dissi, e gli dettai la lettera che la figura del pellicello era in vista, e sin a tanto che le figure dei tumori, e dei vaiuoli non si fussero vedute, che si begava l'esistenza, e che in tanto si diceva che il pellicello era causa del male e non il male del pellicello".
La polemica si era sviluppata nel corso dell'estate 1687, quando Bonomo aveva inviato a Lancisi una copia delle Osservazioni intorno a' pellicelli, professandosi "suo vero scolaro" ed invitandolo a sottoporlo all'esame del "Congresso medico romano". Dopo aver esaminato insieme ai colleghi il testo, Lancisi aveva avviato un carteggio con Bonomo, in cui contestava apertamente i risultati della sua ricerca. Di fronte all'alternativa se dovevano "questi bacherozzolini stimarsi vera cagione della rogna, ed altre pustole cutanee, ovvero credersi un tal nascimento consecutivo allo stagnamento de fluidi", la proposta di Bonomo di attribuire tutto al "pellicello" era sembrata a Lancisi una pretesa che urtava "l'ingegno nella durezza dell'inverisimile". Era noto infatti a tutti che "è metodo universalissimo della natura far che un effetto dipenda da più cagioni, o congionte, o separate, diverse alcuna volta nella sostanza, o nella struttura, benché somiglianti nel modo d'operare". In definitiva, anche dopo la scoperta
dell'azione patogena dell'acaro, restava valido il principio che la scabbia dipendeva, come avevano sempre sostenuto i medici, da uno squilibrio umorale che si manifestava proprio con la comparsa dei "pellicelli".
Bonomo aveva replicato a tambur battente, definendo una "solennissima baia" l'opinione di Lancisi e confermando la sua ferma convinzione che "la sola, pura, e vera rogna non possa molestare un corpo, se non vien prima all'istesso corpo appicciata al di fuori, e che dal interno non possa originarsi". Lancisi aveva replicato, a sua volta, che esisteva una consolidatissima tradizione che aveva stabilito che la rogna si produceva "senza contagio, per sola escretione ordinaria de fluidi del nostro corpo". Ragion per cui non riusciva proprio a capire come mai l'interlocutore si accanissse a non accettare come "vera, e possibile una cosa, per la cui esistenza milita ogni ragione, ogni esperienza".
Vista l'impossibilità di trovare un accordo, Bonomo aveva deciso, nell'ultima lettera del 24 settembre 1687, di spostare il discorso sulle implicazioni teoriche generali ed aveva tirato in ballo la questione della generazione spontanea, verso la quale andavano abbastanza scopertamente le simpatie di Lancisi. Se si ammetteva la soluzione del contagio animato, era chiaro che i "pellicelli" nascevano da uova; ma se era vera la soluzione umoralista di Lancisi, come venivano generati "li bachi in quella rogna, che è nata senza contagio"? Posto che "uno delli due pensieri è falso, o che la rogna genera i bachi, o che i bachi la rogna", se non corrispondeva alla verità l'ovismo bisognava avere il coraggio delle proprie scelte. A Lancisi non restava, dunque, che sostenere che poteva "esser vera l'opinione antica, e falsa la moderna, quantunque appoggiata alla dimostrazione, e non alle autorità, et alle metafisiche". Proprio per facilitare il compito all'ostinato Archiatra pontificio, ma in realtà per sfidarlo, Bonom
o allegava alla lettera la copia di "una certa compositioncella" di "un poeta" amico.
Si trattava di alcune "Quartine comico-filosofiche" che, in forma anonima, Redi aveva indirizzato "ad un amico ostinato nella difesa d'una sua opinione circa la generazione degl'insetti": cioé, presumibilmente, allo stesso Lancisi. Eccone l'esordio: "Ho inteso, che Filosofo voi siete, / ma Filosofo senza discrettione / che, per far viva la vostra opinione, / fareste con Platone alle capate. / E quell'idee, ch'avete nel cervello / benché più false sian dell'Alcorano, / dicon, ch'ognor con la pistola in mano / fareste per defenderle un duello".
Di fronte a chi credeva che per produrre "ogni insetto" non occorreva "il seme prolifico, o perfetto", ma bastava "lo sterco, la marcia, e la lordura", Redi faceva appello alle dimostrazioni sperimentali dei moderni, tra cui ovviamente le proprie. "Per convincervi adesso io non intendo / portarvi operazioni, ed esperienze / e l'altrui industriose diligenze / del Redi, del Malpighi, o del Gassendo / che fer con istrumenti, e vari arnesi / nell'api, nelle mosche, e nei ranocchi / che le toccar le mani, le vider gl'occhi / con consumarvi settimane, e mesi. / Nei libri lor si fa noto, e patente / con occhiuta, e palpabile ostensione / che nasce senza alcuna eccezione / o dal seme, o dal uovo ogni vivente". E terminava il suo irriverente poemetto con questo sprezzante invito: "Che se quest'uova poi veder volete / non son già come quelle dello struzzo / eccellente mio Fisico d'Abruzzo, / pigliate il microscopio, e le vedrete. / […] Ma se il detto sin qui non è bastante / acciò lasciate la vostra opinione / io vi d
irò ma senza adulatione / ch'avete un zervelon da zoccolante".
L'attacco di Bonomo aveva suscitato una vibrata rimostranza da parte di Lancisi, che rispose il 4 ottobre 1687 con una lunga ad articolata lettera nella quale precisava la propria posizione in merito al problema della generazione spontanea. Dopo aver espresso il proprio malessere per essere stato trascinato in una controversia con Redi certamente non voluta né gradita - "mi sento chiamare ad una contesa fuori del nostro steccato", scriveva -, affermava che non era certo una "questione" da "agitarsi alla sfuggita" quella dell'origine degli insetti e dei parassiti: se cioè "tutti questi insetti, tanto fuori, che dentro degli animali, naschino dall'uovo, partorito dalla femina, e fecondato dal maschio della medesima specie". Per quanto lo riguardava personalmente, l'Archiatra pontificio dichiava di non essere "hora in stato di doverlo asserire", anche se non aveva "prurito d'affatto niegarlo". Tanto più che, a mettere in discussione il principio dell'universalità della generazione parentale aveva provveduto lo s
tesso "il famos.mo ed oculatissimo Sig. Redi": cioè proprio "questo grand'huomo acerrimo diffensore, anzi pubblicatore della generatione degl'insetti per via di semi, e d'uovi decidui", il quale aveva dovuto riconoscere che i vermi delle galle potevano essere stati generati non dal seme ma "da quell'istessa anima, e da quella stessa natural virtude, che fa nascere i frutti delle piante". A meno che, chiosava sarcasticamente Lancisi alludendo alla voce di una presunta palinodia di Redi che si era diffusa negli ambienti romani, "questo gran letterato" non si fosse già, "conforme il suo solito", "candidamente" "ritrattato" "da questa opinione". Poi proseguiva: "Hor, se nelle piante, che sono viventi di poca struttura, e dotati di fluidi di meno eterogeneità, si scorge una tal generatione d'insetti senza il comercio esterno, e precedenza d'uova depositate dalla madre, quanto ciò sarebbe più facile per verità a succedere ne' corpi degl'animali, dotati di maggior numero d'organi, e ripieni di sughi d'una miscela, per così dire, infinita? Così nell'osso del fronte alle radici delle corna de castroni s'annidano li vermi, senza sapersi la loro genealogia: così nel fegato delle pecore, della lepre, e d'altri quadrupedi si veggono talora rachiusi i vermi, ma non si vede per ciò, né si prova che la di loro semenza dal di fuori immediatamente divenga, e in questa guisa discorrendo di mille insetti ne' reni, nella testa, nelle vene, e quasi in ogni parte degl'animali essersi veduti, e da vedersi, non so che alcuno mentovi l'ovo, o 'l medesimo verme dal esterno insinuato".
Lancisi smentiva, in ogni caso, di essere favorevole alla generazione spontanea della vita e contrapponeva a Bonomo un sistema di epigenesi meccanica che si richiamava apertamente all'impostazione dei moderni atomisti come Gassendi. Scriveva: "Ma non perciò io voglio dedurre la generatione de' soddetti dal putri, o dallo sterco, cose che noi bensì nauseano, ma non già la natura, come forsi altri credono. Stimo però nido il più delle volte de' vermi l'istessa putredine, in cui mecanicamente, e non a caso, si possa talora fabricare un uovo, od un insetto". Esclusa ogni possibilità di generazione equivoca, regolata dal caso, restava praticabile l'ipotesi di una generazione degli acari della scabbia di tipo meccanico. Secondo il modello embriologico difeso da Lancisi, esistevano in natura le condizioni per consentire "un certo incontro di parti per pura necessità, e non a caso", e in virtù di questa possibilità, sulla quale peraltro la mente umana non poteva fornire ulteriori precisazioni, si formava "un primo organo
d'un vivente, cioè un uovo (il quale pure quando si getta in seno alla madre non per altro sortisce il natale, se non per determinato incontro, e forza di pura meccanica)".
Terminando la lettera, Lancisi dava chiaramente ad intendere di essere rimasto offeso dai termini satirici della "Canzone" trasmessagli da Bonomo. Soprattutto lo aveva indispettito la definizione che gli era stata affibbiata di "zoccolante", dato che chiunque lo conosceva anche superficialmente sapeva benissimo che anche lui aveva "passegiato talora sotto i platani accademici, e deriso con Democrito l'humane follie". Che era una bella rivendicazione di modernità da parte del padudato Archiatra pontificio, il quale non disdegnava, nella stessa lettera, di richiamarsi ripetutamente alle indicazioni scientifiche di Malpighi e del grande "Gallileo". Proprio citando la lezione anti-autoritaria di Galileo, Lancisi dichiarava di odiare "mortalmente" anche lui, al pari di Redi, Bonomo e di tutta la tradizione galileiana toscana, quanti "spesso incontro all'esperienza pongono un testo, da cui pendono tanto tenacemente, che con niun arte si lassano distaccare".
Dopo questa reazione, la polemica minacciava di allargarsi in modo incontrollato. Ragion per cui Redi aveva creduto bene di intervenire personalmente per placare gli animi e consigliare a Bonomo di non andare oltre: per la tranquillità e il bene di tutti. "Col Signor Lancisi - scriveva a Cestoni il 14 ottobre - consiglierei il Signor Bonomo a non multiplicare in lettere. Se quest'anno ci riparleremo in Livorno, farò restare capace lui e V. S. della verità del fatto. Il Sig. Bonomo è un poco ardentetto nello scrivere".