Accanto all'embriologia, la digestione è stata una delle poche questioni di carattere fisiologico che Redi ha affrontato nel corso della sua lunga carriera di medico e di anatomista. Alla digestione era infatti dedicava una delle tante "digressioni" delle Esperienze intorno a diverse cose naturali, e particolarmente a quelle che ci son portate dall'Indie, il saggio del 1671 indirizzato a Kircher .
L'occasione era stata offerta a Redi dal ritrovamento nel ventriglio delle gru e di molti altri volatili di piccole pietruzze. Il fatto indicava che in questi organismi la digestione avveniva "in gran parte" "per mezzo della triturazione", e giustamente molti tra i moderni, come Tommaso Cornelio, gli accademici Cimento e William Harvey, avevano intuito che queste pietruzze servivano "per far ben digerire il cibo". Esse andavano, in sostanza, intese come "tante macinette raggirate da quei due forti e robusti musculi de' quali è composto il ventriglio".
Nel corso delle tradizionali cacce granducali nelle campagne di Pisa Redi aveva avuto modo di effettuare numerose anatomie di uccelli, in particolare gru. Aveva anche osservato che altri tipi di uccelli, come i tarabusi, non avevano l'abitudine "d'inghiottir le pietre per aiutar la digestione", e proprio per questo la struttura del loro ventriglio era diversa. Il particolare gli aveva suggerito l'idea di rinviare "ad occasione più opportuna" un esame più approfondito dell'argomento della digestione. Progetto che, a quanto è dato sapere, non venne mai più ripreso dal naturalista aretino.
Per il momento Redi si preoccupava, forse d'accordo con lo stesso Magalotti, segretario dell'Accademia del Cimento, di rettificare "uno sbaglio" che era incorso nella stampa dei Saggi di naturali esperienze del 1667. "A carte 265", giusto nell'ultimo paragrafo, quando veniva riferita un'esperienza su alcune galline a cui erano state fatte ingerire delle "palline di cristallo", la parola "massicce" andava sostituita con "vote". Redi aveva infatti ripetuto le prove e constatato che solo se si trattava di palline vuote all'interno, esse si ritrovavano polverizzate dentro i ventrigli dei volatili anatomizzati dopo poche ore dall'ingerimento. Nel caso invece di palline "massicce", simili a quelle adoperate per "far vezzi", ci volevano parecchie settimane prima che fossero ridotte in polvere, e di solito diminuivano semplicemente di peso per l'attrito.
Oltre che con palline di vetro 'normali', Redi aveva fatto esperienze anche con "quelle gocciole, o zuccette di vetro temperato nell'acqua", di cui si era occupato a lungo nel 1669, "le quali rotte in qualsisia minima lor parte vanno tutte quante in polvere, o per dir meglio si stritolano". Anch'esse, una volta fatte inghiottire a galline ed anatre, diminuivano di peso. Di solito non si polverizzavano dentro i ventrigli degli animali, ma lo facevano, al pari delle altre, dopo essere state estratte e rotte "con le tenaglie". Al lettore che avesse voluto avere "minuta contezza" di queste singolari "gocce", "e de' loro curiosi effetti", Redi consigliava di leggere i saggi del "famoso professor matematico nello Studio di Bologna" Geminiano Montanari, e del "celebre filosofo dell'Università pisana" Donato Rossetti.
Ripercorrendo ancora una volta le esperienze degli accademici del Cimento, Redi aveva confermato che, durante la digestione, alcune palline vuote, rimaste intatte dentro il ventriglio dei volatili, si erano riempite di una "materia bianca". Ma mentre i suoi colleghi si erano fermati qui, l'Archiatra granducale era andato avanti. Aveva effettuato una rudimentale analisi chimica del "liquor bianco", specificando che si trattava di una sostanza "simile al latte liquido e non rappreso", che aveva, al gusto, un "sapore misto e di acido e di amaro". Sulla sua origine Redi propendeva a ritenere che provenisse "da quelle infinite papille" situate nella parte superiore dell'esofago dei volatili e prossime alla "bocca superiore del ventriglio". Più importante era tuttavia l'ipotesi relativa all' "uffizio" di questa sostanza, dal momento che Redi prendeva le distanze dall'interpretazione esclusivamente meccanicistica della digestione proposta dal Cimento e suggeriva una soluzione 'mista' di tipo meccanico-chimico, vicin
a alle intuizioni del "dottissimo Progymnasma de nutricatione, scritto da Tommaso Cornelio". Ma ecco le sue parole:
"Io tengo che la digestione ne' ventrigli degli uccelli non sia fatta e perfezionata totalmente dalla triturazione, come alcuni hanno voluto, ma che dopo di essa ci voglia ancora un mestruo per fermentare, dissolvere, assottigliare e convertire il cibo di già macinato in chilo; e credo che le pietruzze inghiottite dagli uccelli, e ragirate dalla forza de' muscoli non facciano altra funzione che quella che farebbono i denti".