1626: 18 febbraio, nasce ad Arezzo, primogenito di Gregorio e Cecilia de' Ghinci.

1639: si trasferisce con tutta la famiglia a Prato.

1642: 1° novembre, va ad abitare a Firenze, proseguendo gli studi secondari presso i Gesuiti.

1643: 4 novembre, arriva a Pisa, si iscrive alla Facoltà delle Arti e risiede presso il Collegio Ferdinando.

1644: 23 dicembre, promette al padre di attendere "con ogni diligenza possibile" alla pubblica anatomia del prossimo Carnevale.

1645: compie le prime osservazioni naturalistiche su uccelli.

1646: non sono rimasti documenti relativi a questo anno.

1647: 1° maggio, consegue la laurea in medicina. 26 maggio, rientra a Firenze.

1648: 24 aprile, ottiene la licenza per esercitare la pratica medica e si iscrive all'Arte dei medici e speziali. Ottobre, soggiorna qualche giorno ad Arezzo.

1649: 13 febbraio, acquista "un occhiale assai buono" appartenuto a Galileo, e "tutte l'opere" del matematico pisano. Effettua alcune ricerche di carattere chimico-farmacologico.

1650: 13 marzo, compie un viaggio a Roma e Napoli in occasione del Giubileo. 15 luglio, rientra a Firenze.

1651: 28 aprile, anatomizza un cavallo "della carrozza", morto "in casa nostra".

1652: settembre, soggiorna ad Arezzo.

1653: compie un viaggio di due mesi a Bologna, Padova e Venezia.

1654: 15 giugno, parte per il secondo viaggio a Roma, e rientra a Firenze il 14 novembre.

1655: 15 luglio, viene aggregato all'Accademia della Crusca.

1656: 21 luglio, manda a Carlo Dati una serie di "osservazioni" per il Vocabolario della Crusca.

1657: partecipa alle riunioni dell'Accademia del Cimento.

1658: dal 27 settembre al 10 ottobre soggiorna ad Arezzo. 10 novembre, viene nominato membro della Commissione incaricata di approntare una nuova edizione del Vocabolario della Crusca.

1659: giugno, soggiorna ad Arezzo. Contribuisce con ripetuti invii di denaro all'acquisto della villa degli Orti, ad Arezzo.

1660: nell'ambito delle attività del Cimento, per ordine del Principe Leopoldo de' Medici, effettua alcune esperienze sui "sali fattizi", poi raccolte nel 1663 in una memoria intitolata Esperienze intorno a' sali fattizi. Cura il vaiolo del Principe ereditario Cosimo III.

1661: riceve dal Granduca "un gran regalo di libri, e benissimo legati" per la sua biblioteca.

1662: febbraio, mentre la Corte si trova a Pisa, organizza una serie di esperimenti per saggiare la presunta virtù anti-venefica delle "pietre di serpente" riportate dalle Indie da "tre Padri Zoccolanti".

1663: giugno, esperimenti tossicologici sulle vipere, con l'intervento risolutivo del "Viperaio" Jacopo Sozzi.

1664: marzo-aprile, pubblica le Osservazioni intorno alle vipere (testo). Settembre, effettua alcune osservazioni sugli insetti delle galle, in collaborazione con Antonio Oliva.

1665: viene nominato Lettore di lingua toscana nello Studio fiorentino. Giugno, esperimenti cruciali che confutano la teoria della generazione spontanea.

1666: il Granduca Ferdinando II lo nomina Archiatra e direttore della Spezieria e Fonderia granducali. Inizia a fare anatomie di torpedini. 1° maggio, scrive le Notizie intorno alle palme (testo). 12 settembre, nel corso di un eccezionale "stravizzo" della Crusca recita i primi versi di quello che diventerà il Bacco in Toscana (testo).

1667: febbraio-aprile, a Livorno effettua molte anatomie di tartarughe e pesci marini insieme a Niccolò Stenone. Durante l'estate intensifica gli studi sulle galle, grazie alla determinante collaborazione di Francesco Tozzi e Filizio Pizzichi.

1668: agosto-settembre, pubblica le Esperienze intorno alla generazione degl'insetti (testo).

1669: 18 marzo, invia al Principe Leopoldo una relazione sul fenomeno delle "gocce di vetro".

1670: viene confermato dal nuovo Granduca Cosimo III nelle cariche di Archiatra e direttore della Spezieria. Maggio-agosto, nuove ricerche sulle vipere che vengono pubblicate, ai primi di ottobre, nella Lettera sopra alcune opposizioni fatte alle Osservazioni intorno alle vipere.

1671: ottobre, pubblica le Esperienze intorno a diverse cose naturali, e particolarmente a quelle che ci son portate dall'Indie (testo).

1672: marzo, morte della madre. 4 maggio, rimane solo a Firenze, dopo che il padre ha preso la decisione di ritirarsi ad Arezzo. Lascia la casa posta "al Canto a Soldani" in cui aveva abitato fino ad allora, e ne prende in affitto un'altra posta "in Via de' Bardi".

1673: luglio-agosto, effettua una serie di esperimenti su diversi animali per verificare la presunta virtù anti-emorragica di un'acqua mandata dalla Francia. I risultati vengono pubblicati, con il titolo di Esperienze intorno a quell'acqua che si dice che stagna subito tutti quanti i flussi di sangue, che sgorgano da qualsisia parte del corpo, nel "Giornale de' letterati" di quell'anno.

1674: ristampa con il libraio fiorentino Onofri le Esperienze intorno alla generazione degl'insetti.

1675: luglio, morte del padre.

1675-1776: durante l'inverno, probabilmente tra dicembre e febbraio, soggiorna tre mesi ad Arezzo, per ristabilirsi di salute dopo una grave malattia.

1676: luglio, effettua esperienze termometriche di misurazione delle variazioni di temperatura di diverse sostanze.

1677: fa da paciere tra Alessandro Marchetti e Vincenzo Viviani. Dopo lo scandalo degli ammanchi alla Fortezza medicea di Arezzo, di cui aveva fatto nominare Provveditore il fratello Diego, prende la decisione di farsi "un nido" lontano da Arezzo, abbandonando l'idea di ritirarsi in vecchiaia nella propria villa degli Orti.

1678: marzo, effettua anatomie di gru insieme a Stefano Lorenzini. 27 gugno, viene nominato Arciconsolo della Crusca. Pubblica la Lettera intorno all'invenzione degli occhiali (testo).

1679: 22 febbraio, parte da Livorno insieme al Granduca per una gita in barca alla "lontanissima isola della Meloria".

1680: conosce a Livorno Diacinto Cestoni, con il quale avvia un intenso sodalizio umano e scientifico.

1681: marzo-aprile, presso la villa medicea dell'Ambrogiana studia, attraverso numerose anatomie, l'apparato genitale della lepre femmina.

1682: aprile-maggio, tra le ville fiorentine di Castello e della Petraia porta a termine un ciclo di esperienze sui lombrichi allo scopo di verificare l'efficacia anti-elmintica di diverse sostanze.

1683: giugno, effettua numerose anatomie di ricci; novembre-dicembre, esperimenti su tartarughe decerebrate.

1684: settembre-ottobre, pubblica le Osservazioni intorno agli animali viventi che si trovano negli animali viventi (testo).

1685: ottobre, pubblica il Bacco in Toscana (testo).

1686: gennaio, a Pisa riunisce tutte le sere a casa sua un circolo di intellettuali per discutere di filosofia atomista.

1687: luglio, pubblica, con il nome di Cosimo Bonomo, le Osservazioni intorno a' pellicelli del corpo umano (testo). Settembre, lavora al "Ditirambo dell'Acque", cioè all'Arianna inferma (testo), che lascerà incompiuto.

1688: tra settembre e dicembre si dedica in modo intensivo a fare esperimenti termometrici, che raccoglie nei Mss. Redi 28 e 29. Il libraio fiorentino Matini pubblica una nuova edizione delle Esperienze intorno alla generazione degl'insetti.

1689: per tutto l'anno, tanto a Firenze che a Pisa e Livorno, continua le ricerche termometriche su svariati tipi di fluidi. Dicembre, incontra a Firenze Gottfried Wilhelm Leibniz.

1690: gennaio-marzo, ripetute coliche renali aggravano le sue condizioni di salute, al punto da costringerlo, in giugno, a prendere la decisione di abbandonare la pratica medica per la clientela privata. Settembre, è convinto di incamminarsi "a gran passi alla sepoltura".

1691: stante le cattive condizioni di salute, rimane a Firenze rinunciando a seguire la Corte nella tradizionale trasferta a Pisa e Livorno.

1692: la salute appare nettamente migliorata, anche se a luglio riprendono le solite coliche di reni. Nel corso dell'anno viene nominato membro dell'Accademia dell'Arcadia, con il nome di Anicio Triustio.

1693: marzo, a Pisa cade gravemente ammalato, tanto che al suo capezzale accorre da Arezzo il fratello Giambattista.

1694: febbraio, manifesta l'intenzione di ritornare sulla questione delle galle, pubblicando una nuova memoria per spiegarsi "un poco meglio". Ottobre, afferma di non credere che "la gran faccenda" della generazione sia "architettata da' vermi".

1695: invia ad Arezzo un proprio ritratto, che viene esposto nella sala della Biblioteca della Fraternita dei Laici, ed un busto di marmo da sistemare nella villa degli Orti.

1696: novembre, sente che gli resta "poco tempo" da vivere, e sollecita il matrimonio dell'amato nipote Gregorio.

1697: 25 gennaio, parte da Firenze con la Corte per Pisa. 1° marzo, durante la notte, muore. 11 marzo, viene sepolto nella Chiesa di S. Francesco, ad Arezzo.

1812: traslazione della salma e del monumento sepolcrale nel Duomo di Arezzo.